本校視高等教育深耕計畫為一項重要專案，將以「專案管理」之角度執行控管，以確保各分項計畫行政事務、財務資本、時間成本、人力資源等運用與執行皆能達成實質成效。結合校內相關單位組成「高等教育深耕計畫管考委員會」（如圖）並廣納品質管理概念－PDCA品管模式：計畫(Plan)→執行(Do)→考核(Check)→行動(Act)四大流程於本計畫管考機制中，以期能以隨時監督、定時考核、永續循環及持續改善，達成計畫目標。

　高教深耕計畫為競爭型的補助計畫專案，需仰賴大量專業人力協助執行，本計畫的執行組織架構由校長擔任計畫總召集人，訂定總體計畫方向；副校長擔任副總召集人，協助總召集人及計畫進度；教務長擔任計畫執行長，統籌計畫執行，副教務長任副執行長，協助執行長。教學發展中心主任為執行祕書。但為了促進既有行政系統成為具學習能量與高度能動性的組織，確保專案計畫執行彈性，為兼顧這兩個工作執行向度，本校在教務處的教學發展中心設立「高教深耕計畫總辦公室」，協助全校性的橫向連結與整合，同時立基於本校既有的行政體系架構，以組織編組方式，由校內相關單位組成，各層級職責分明，並強調重視單位間的協調、溝通與整合。

    總計畫辦公室負責各計畫協調溝通與整合；各分項計畫由本校核心業務主力之教務處、學務處、研發處、國際事務處、文創處與各教學單位為執行單位，由各院長、主任級主管擔任主持人/協同主持人，負責實際計畫運作。